2023年9月28日，我院高炳淼教授团队与深圳市华大海洋研究院石琼院士团队合作在中科院1区TOP期刊《Molecular Biology and Evolution》在线发表题为“A Chromosome-level Genome Assembly of the Reef Stonefish (Synanceia verrucosa) Provides Novel Insights into Stonustoxin (sntx) Genes”的论文。

石头鱼学名玫瑰毒鲉（Synanceia verrucosa）是毒性最大的鱼类之一，但其生物医学研究一直局限于毒素的分子克隆和纯化，而不是对相关毒素基因的高通量遗传研究。在这项研究中，我们为石头鱼构建了一个染色体水平的单倍型基因组图谱。单倍型基因组被组装成24条染色体，大小为689.74Mb，Contig N50达11.97Mb，BUSCO完整度达97.8%。共注释了24050个蛋白质编码基因，其中金属蛋白酶、C型凝集素和石头鱼毒素（sntx）是最丰富的毒素基因。多组织转录组学和毒液蛋白质组学数据显示，sntx基因，特别是那些聚集在2号染色体上一个长50kb区域内的基因，比其他类型的毒素以及分散分布在其他染色体上的sntx基因具有更高的转录水平。进一步的比较基因组分析预测，在包括无毒鱼类在内的鲈形目谱系中，sntx-like基因会扩增，但鲉亚目物种经历了额外独立的sntx重复事件，这标志着真正的有毒石头鱼毒素的明确起源。总之，这个高质量的基因组图谱和毒素基因的相关比较分析突出了有价值的遗传差异，有可能参与鲉行目鱼类的毒液进化。

海南医学院唐天乐教授和深圳市华大海洋研究院黄玉博士（现在中国科学院水生生物研究所工作）为共同第一作者，高炳淼教授和石琼教授为共同通讯作者。该项研究受到海南省重点研究开发项目 (ZDYF2022SHFZ309)，国家自然科学基金（82060686），海南省自然科学基金（820RC636）和海南省院士工作站专项（YSPTZX202132）等资助。

文章链接：https://doi.org/10.1093/molbev/msad215

团队介绍：

  海南医学院药学院副院长高炳淼教授，国家中医药管理局中药材产业扶贫行动技术指导专家，海南省侨联专家委员会委员，海南省首批青年“南海名家”，海南省拔尖层次人才，海南省“515人才工程”第三层次人选，海南省最美科技工作者。课题组主要从事基于多组学发掘海洋多肽毒素、多肽合成及其神经药理靶点的鉴定和应用，已先后在Cell Discov、Molecular Biology and Evolution、Gigascience、Toxicon、Toxins等期刊发表学术论文60余篇，出版专著与教材5部，授权发明专利7项，获海南省科学技术进步一等奖1项、海南省自然科学二等奖1项。

高炳淼教授课题组

  深圳市华大海洋研究院石琼院长，现任深圳大学特聘教授、中国科学院大学博士生导师、内江师范学院“天府学者”、深圳市海洋生物基因组学重点实验室主任、广东省海洋经济动物分子育种重点实验室主任、农业基因组学国家重点实验室学术带头人。2021年当选为俄罗斯自然科学院外籍院士，曾获国际科学家终身成就奖、中国水产杰出贡献人物、中国产学研合作创新奖、国家海洋科学技术奖、广东省农业技术推广奖、深圳市自然科学奖等多项荣誉奖励。课题组主要从事水产基因组学研究、鱼类分子育种与海洋药物研发，已完成80余种水生生物的基因组、200余种水生生物的转录组测序及分析，先后在Nature、Nat Genet、Nat Commun、PNAS、Mol Biol Evol、Cell Discov、BMC Biol、PLoS Genet、GigaScience、中国科学、动物学报、水生生物学报等杂志发表论文210余篇，出版专著13部，获得中美欧授权专利40余项、水产新品种证书3件、地方标准1项、软件著作权5件。

石琼院士课题组